Un organisme (du grec organon, « instrument »), ou organisme vivant, est, en biologie et en écologie, un système vivant complexe, organisé et est le produit de variations successives au cours de l'évolution. Il est constitué d'une ou plusieurs cellules vivantes (on parle alors, respectivement, d'organisme unicellulaire ou pluricellulaire). Les organismes vivants sont classifiés en espèces partageant des caractéristiques génétiques, biologiques et morphologiques communes.
Les organismes complexes, multicellulaires, sont constitués d'un ensemble de cellules vivantes différenciées, dérivant en général d'une progénitrice unique et partagent le même patrimoine génétique. Ces cellules baignent dans, et délimitent, un environnement intérieur. Elles assurent des fonctions spécialisées et opèrent de manière concertée de façon à fonctionner comme un ensemble stable.
La stabilité des organismes n'est pas statique (fondée sur un équilibre thermodynamique, état qui caractériserait la mort de l'organisme), mais dynamique : l'organisme est hors d'équilibre et se maintient dans un état de plus basse entropie, plus organisé qu'à l'équilibre, par des réactions chimiques internes. Ces réactions sont autonomes et entretenues par l’apport de nutriments (aussi parfois d'énergie lumineuse), apportant à l'organisme matière utile et énergie, et l'évacuation de déchets ; elles contribuent au maintien de la stabilité de l'environnement intérieur. Ce phénomène d'équilibre dynamique maintenu par l'organisme est appelée homéostasie.
Quelques centaines d'espèces, dites « organismes modèles », sont utilisées comme modèles d'étude par les scientifiques et les laboratoires de recherche pour comprendre les mécanismes fondamentaux du vivant.
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